Tuyến trùng có hệ tiêu hóa gồm ba phần. Ba phần này là dạ dày, ruột và hậu môn. Dạ dày bao gồm miệng, thực quản và hầu. Khi thức ăn được đưa vào qua miệng ở một đầu của tuyến trùng, thức ăn sẽ đi qua thực quản rồi vào ruột. Thực quản bơm thức ăn đã được tuyến trùng đưa vào ruột như đã đề cập. Khi thức ăn di chuyển xuống ruột hình ống, nó sẽ đến một phần được gọi là một trong hai phần. Ở con đực, nó được gọi là lỗ huyệt, và ở con cái, nó được gọi là trực tràng.